Table des Matières des Notes en Microsoft Word
1. Présentation des bactéries
1.1. La place des bactéries dans le monde vivant
1.2. Formes et aspects au microscope
1.2.1. Coques
1.2.1.1. Diplocoques
1.2.1.2. Streptocoques
1.2.1.3. Tétrades
1.2.1.4. Sarcines
1.2.1.5. Staphylocoques
1.2.2. Bacilles ou bâtonnets
1.2.2.1. Coccobacilles
1.2.2.2. Bacilles corynéformes
1.2.2.3. “ Vrais ” bacilles
1.2.2.4. Bacilles filamenteux
1.2.2.5. Bacilles fusiformes
1.2.2.5. Bacilles ramifiés
1.2.3. Courbées
1.2.3.1. Vibrions
1.2.3.2. Spirilles
2. Structure des bactéries
2.1. Constituants cytoplasmiques
2.1.1. Le nucléoïde
2.1.1.1. Présentation générale
2.1.1.2. Structure du gène bactérien
2.1.1.3. Expression du gène bactérien
2.1.1.4. Chromosome et typage des bactéries
2.1.2. Les plasmides
2.1.3. Les prophages
2.1.4. Les transposons et séquence d’insertion ou “ gènes sauteurs ”
2.1.5. Les transposons conjugatifs
2.1.6. Les îlots de pathogénicité et de résistance (ou les intégrons)
2.1.6.1. Les îlots de pathogénicité
2.1.6.2. Les îlots de résistance ou intégrons
2.2. Les autres constituants cytoplasmiques
2.2.1. Les ribosomes
2.2.2. Les inclusions granulaires
2.3. Les membranes bactériennes
2.3.1. La membrane cytoplasmique
2.3.1.1. Composition et structure
2.3.1.2. Fonction(s)
2.3.1.3. Biogenèse
2.3.1.4. Les mésosomes
2.3.2. La paroi bactérienne
2.3.2.1. La molécule de peptidoglycan
2.3.2.1.1. Composition et structure
2.3.2.1.2. Eléments associés au peptidoglycan
2.3.2.1.3. Fonction(s)
2.3.2.1.4. Biogenèse
2.3.2.2. La membrane externe
2.3.2.2.1. Composition et structure
2.3.2.2.2. Fonction(s)
2.3.2.2.3. Biogenèse
2.3.2.3. L’espace périplasmique
2.4. Eléments extérieurs à la paroi
2.4.1. La couche S
2.4.2. La glycocalyx
2.4.3. La capsule
2.4.4. La zooglée
2.5. Appendices de surface
2.5.1. Les cils ou flagelles
2.5.2. Les pili, fimbriae et fibrillae
2.5.3. Biogenèse
2.6. L’excrétion des protéines
2.7. Les formes particulières
2.7.1. Protoplastes et sphéroplastes
2.7.2. Les formes L (Institut Lister)
2.7.3. Les mycoplasmes
2.7.4. Les bactéries acido-résistantes
2.7.5. Les bactéries intracellulaires
2.7.5.1. Les rickettsies
2.7.5.2. Les chlamydies
2.7.6. Les spirochètes
2.8. Les formes de résistance
2.8.1. Les spores
2.8.1.1. Formation de la spore
2.8.1.2. Génétique de la sporulation
2.8.1.3. Constituants de la spore
2.8.1.4. Conditions de la sporulation
2.8.1.5. Germination de la spore
2.8.1.6. Résistances physico-chimiques des spores
2.8.1.7. Importance des spores en médecine
2.8.2. Autres formes de résistance
3. Métabolisme bactérien
3.1. Nutrition
3.1.1. Sources d’énergie
3.1.2. Sources de carbone
3.1.3. Sources d’azote
3.1.4. Anabolisme et vitamines
3.2. Catabolisme
3.2.1. Digestion
3.2.2. Pénétration
3.2.3. Préparation à l’oxydation
3.3. Métabolisme énergétique
3.3.1. Types de métabolisme énergétique
3.3.2. Rapports avec l’oxygène
3.3.3. Fermentations bactériennes
3.3.4. Respiration bactérienne
3.4. Synthèses bactériennes
4. Multiplication et croissance bactériennes
4.1. Cycle cellulaire et division
4.1.1. Des bâtonnets Gram – (Escherichia coli)
4.1.1.1. Les paramètres
4.1.1.2. Timing de la division cellulaire
4.1.1.3. Anatomie fonctionnelle
4.1.1.3.1. Dans le cytoplasme
4.1.1.3.2. A hauteur des membranes
4.1.2. Des bactéries Gram+
4.1.2.1. Des coques Gram+ (Enterococcus faecium)
4.1.2.2. Des bâtonnets Gram+ (Bacillus subtilis)
4.1.3. Des actinomycètes
4.2. Croissance bactérienne en culture
4.2.1. En milieu liquide
4.2.1.1. En croissance limitée
4.2.1.2. En croissance continue
4.2.2. Sur milieu solide
4.2.2.1. Développement de la colonie bactérienne
4.2.2.2. Etat des cellules bactériennes dans la colonie
4.3. Influence de paramètres de croissance
4.3.1. L’eau
4.3.2. La pression osmotique
4.3.3. Le pH
4.3.4. La température
4.3.5. La pression
4.3.6. Le son
5. Systématique des bactéries importantes en médecine vétérinaire
5.1. Taxonomie bactérienne
5.1.1. L’espèce bactérienne
5.1.2. Les genres et familles
5.1.3. Les taxons supérieurs
5.2 Nomenclature bactérienne
5.3 Systématique bactérienne
6. Ecologie bactérienne
6.1. Dans la nature
6.2. Au contact des animaux
6.2.1. La peau
6.2.1.1. Bactéries de la peau
6.2.1.2. Bactéries pathogènes de la peau
6.2.1.3. L’otite externe du chien
6.2.2. L’appareil respiratoire
6.2.2.1. Résidentes sans importance pathologique reconnue
6.2.2.2. Résidentes pathogènes opportunistes
6.2.2.3. Bactéries de passage pathogènes « obligés », dont le réservoir est le nasopharynx
6.2.2.4. Bactéries de passage pathogènes opportunistes, dont le réservoir est différent (intestin, périnée ou sols)
6.2.2.5. Bactéries de passage pathogènes « obligés » dont le réservoir est différent (intestin ou sols)
6.2.3. L’appareil urinaire
6.2.3.1. Bactéries de passage sans conséquence clinique
6.2.3.2. Bactéries de passage pathogènes les plus fréquentes (90 %)
6.2.3.3. Autres bactéries de passage pathogènes
6.2.4. L’appareil génital (y compris la mamelle)
6.2.4.1. Chez la femelle
6.2.4.2. Chez le mâle
6.2.4.3. La mamelle
6.2.5. Le tractus digestif
6.2.5.1. La bouche
6.2.5.2. Les estomacs
6.2.5.3. Les intestins
6.2.6. L’intérieur du corps
7. Virulence bactérienne
7.1. Généralités
7.1.1. Définitions
7.1.2. Spécificités d’hôte et d’organe
7.1.3. Les postulats de Koch
7.2. Sources d’infection
7.3. Propriétés de virulence
7.3.1. La colonisation des surfaces muqueuses et cutanée
7.3.1.1. Compétition avec les flores commensales résidentes
7.3.1.2. Traversée de la couche de mucus
7.3.1.3. Résistance aux défenses physiques, chimiques et biologiques locales
7.3.1.4. Adhésion aux cellules épithéliales de la muqueuse
7.3.1.4.1. Adhésines de nature fimbriaire
7.3.1.4.2. Adhésines de nature afimbriaire et non-fimbriaire
7.3.1.4.3. Adhésines de nature non protéique
7.3.2. Le franchissement des muqueuses ou de la peau
7.3.2.1. Mécanismes de passage
7.3.2.2. Devenir des bactéries
7.3.2.3. Base génétique
7.3.2.4. Les systèmes immunitaires des muqueuses
7.3.3. La survie dans le sang et les organes
7.3.3.1. Le complément
7.3.3.1.1. Les activités du complément
7.3.3.1.2. La résistance aux activités du complément
7.3.3.2. Les activités de phagocytose
7.3.3.2.1. Les phagocytes
7.3.3.2.2. La résistance à la phagocytose
7.3.3.3. L’approvisionnement en fer
7.3.3.3.1. Les systèmes de séquestration du fer
7.3.3.3.2. Mécanismes bactériens d’approvisionnement en fer
7.3.3.3.3. Deux exemples de sidérophores
7.3.3.4. Les défenses induites
7.3.3.4.1. Les défenses cellulaires et humorales
7.3.3.4.2. Résistance aux réponses immunes
7.3.4. L’effet toxique
7.3.4.1. La production de toxines
7.3.4.1.1. Les exotoxines
7.3.4.1.2. Les endotoxines
7.3.4.2. La production d’enzymes non toxiques
7.3.4.3. Via la réponse inflammatoire
7.3.4.4. Via la réponse immune
7.3.4.4.1. Hypersensibilité de type I
7.3.4.4.2. Hypersensibilité de type II
7.3.4.4.3. Hypersensibilité de type III
7.3.4.4.4. Hypersensibilité de type IV
7.4. Issue de l’infection
7.4.1. Absence de maladie
7.4.2. Maladie
7.4.2.1. Suraigu
7.4.2.2. Aigu
7.4.2.3. Subaigu
7.4.2.4. Chronique
7.4.3. Mort de l’hôte
7.4.4. Guérison
8. Traitement de l’infection
8.1. Définitions
8.2. Antibiotiques et antiseptiques à usage thérapeutique
8.2.1. Antibiotiques actifs sur la paroi cellulaire
8.2.1.1. β-lactames : pénicillines, céphalosporines, monobactames et pénèmes
8.2.1.2. Polypeptides : bacitracine
8.2.1.3. Glycopeptides : vancomycine et teicoplanine
8.2.1.4. Fosfomycine
8.2.2. Antibiotiques actifs sur les membranes externe et cytoplasmique
8.2.2.1. Les polymyxines
8.2.2.2. Les tyrocidines
8.2.3. Antibiotiques inhibant la synthèse protéique
8.2.3.1. Aminosides
8.2.3.2. Spectinomycine
8.2.3.3. Macrolides
8.2.3.4. Lincosamides
8.2.3.5. Streptogramines
8.2.3.6. Pleuromutilines
8.2.3.7. Phénicolés
8.2.3.8. Cyclines
8.2.3.9. Fucidines
8.2.4. Inhibiteurs de la synthèse des acides nucléiques
8.2.4.1. Quinolones
8.2.4.2. Novobiocine
8.2.4.3. Ansamycines ou rifamycines
8.2.4.4. Nitrofuranes
8.2.4.5. Nitro-imidazoles
8.2.4.6. Quinoxalines dioxydes
8.2.5. Inhibiteurs métaboliques
8.2.5.1. Sulfamidés
8.2.5.2. Diaminopyrimidines
8.2.5.3. Association sulfamidés/triméthoprime
9. Prophylaxie de l’infection
9.1. Définitions
9.2. Les moyens chimiques
9.2.1. Les phénols
9.2.2. Les acides
9.2.3. Les alcalis
9.2.4. Les composés libérant de la chlorine
9.2.5. Les composés iodés
9.2.6. Les surfactants
9.2.7. La chlorhexidine
9.2.8. Les aldéhydes
9.2.9. Les alcools
9.2.10. Les peroxydes
9.2.11. Les colorants
9.2.12. Les ions métalliques
9.2.13. L’oxyde d’éthylène
9.2.14. Autres désinfectants en phase gazeuse
9.2.15. Facteurs à prendre en considération dans l’utilisation des antiseptiques/désinfectants
9.3. Les promoteurs de croissance
9.4. Les moyens physiques
9.4.1. La chaleur
9.4.1.1. Chaleur humide
9.4.1.1.1. Chaleur inférieure à 100 °C
9.4.1.1.2. Chaleur à 100 °C
9.4.1.1.3. Vapeur à pression atmosphérique
9.4.1.1.4. Vapeur à plus d’une atmosphère
9.4.1.2. Chaleur sèche
9.4.1.2.1. Incinération
9.4.1.2.2. Cautérisation
9.4.1.2.3. Lance-flammes
9.4.1.2.4. Air chaud
9.4.2. Le froid
9.4.3. La dessication
9.4.4. Les radiations
9.4.4.1. Les radiations ionisantes
9.4.4.2. Les radiations non ionisantes
9.4.5. La filtration
9.5. Les moyens biologiques
9.5.1. Méthodes immunologiques
9.5.1.1. Les vaccins
9.5.1.2. Les immunsérums
9.5.1.3. Le colostrum
9.5.2. L’administration d’adhésines
9.5.3. L’administration de bactériophages
9.5.4. Les probiotiques
9.5.5. Les prébiotiques
